A sala de Atendimento Educacional Especializado (AEE) desenvolve um trabalho que elabora e
organiza recursos pedagógicos e a acessibilidade para que os alunos tenham plena participação nas atividades da escola considerando a suas limitações. 
O Centro de Educação Municipal São Miguel presta serviço de atendimento a 25 alunos. O atendimento é de 45 minutos duas vezes por semana.
Esse ano de 2012 o plano de trabalho está sendo desenvolvido o Projeto de Vinicius de Moraes e suas poesias.
O Atendimento Educacional Especializado não deve ser trabalhado de forma que substitua o sala de aula regular, mas uma complementação da mesma. O atendimento acontece para dar subsídios ao aluno (a) para que o mesmo aprenda a ter autonomia da sua vida na escola e na sociedade. O AEE disponibiliza de meios que enriquecem a grade curricular, a linguagem e seus códigos específicos, ajuda com as técnicas das tecnologias, e deve esta de acordo com a proposta pedagógica de ensino comum.
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Nos meses de fevereiro a julho de 2011 foi trabalhado com o Projeto Menino Maluquinho.
